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ヒト/マウス エクソーム解析

ヒト/マウス エクソーム解析
ヒト・マウス エクソン領域を対象にした変異解析(SNPs, in/del)

エクソーム解析とは

エクソン領域に限定することにより、低価格にて変異の抽出、解析を実施します。

 ゲノム中のタンパク質コーディング領域である「エクソン領域」に限定し、次世代シーケンスを用いてSNPsやsmall In/Delを抽出する解析です。エクソン領域に対して相補的に設計されたプローブにより、ゲノムDNA断片からエクソン領域由来の断片を回収・濃縮し、シーケンスを実施します。ゲノムワイドに読む場合に比べて必要なデータ量を縮小でき、低コストに変異を解析することができます。例えば、疾患特異的な遺伝子を探索する場合などに有効な手法であり、特に人気の高いサービスです。

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エクソーム解析の特徴

ゲノム中のエクソン領域を特異的に回収・濃縮

 タンパク質をコードするエクソン領域をキットを用いて特異的に回収・濃縮します。このキットでは、最新のデータベースに基づいて核酸プローブが設計されており、網羅的・均一的にターゲット領域を回収することができます。
 使用するキットは、Agilent Technology社の 「SureSelect Human All Exon V5」を始めとして、回収領域にUTRを含むキットなど、ご選択いただけるラインナップをご用意しています。ご要望のキットがございましたら、お気軽にお問い合わせください。

エクソン領域に限定することで、データ量をスケールダウン

 通常、SNPsやsmall In/Delなどの変異を抽出する場合、depth(冗長度)は ×30 以上が目安となります。例えば、ヒト全ゲノム(約 3Gb)の変異解析を行うには「90Gb」のデータ量が必要となりますが、エクソン領域に限定した場合、5Gb [UTRなしの場合]で済むため、コストを下げることが可能となります。





 

エクソーム解析の流れ

1.ご提供いただいたゲノムDNAを物理的に断片化し、ライブラリーを作ります。
2.エクソン領域に相補的にデザインされたプローブとインキュベートし、エクソン領域内のDNA断片をキャプチャーします。
3.プローブに結合しているビオチンに対し、アビジン磁気ビーズで回収します。
4.シーケンス用のアダプターを付加し、PCR増幅を行います。
5.Illumina 社 HiSeqを用いてシーケンスを行います。
6.データ解析を行います。

ご依頼に必要なサンプル条件

 左表記載条件の他、以下の点をご確認ください。
● DNase, RNaseフリーの1.5mlチューブをご使用ください
 (スクリューキャップ式のチューブをお使い頂くとより安心です)。
● ゲノムDNAの抽出はQiagen Dneasy kitまたはPromega Wizard kitなどを推奨致します(他のkitも使用可能です)。
● 凍結融解は極力避け、4℃の 水 または TE バッファー等に溶解して下さい(長期保存の場合は-20℃)。
● お預かりしたサンプルを受領後に品質チェックを行いますが、チェック手法の違いから、お客様にて測定されたチェック結果と当方で実施した品質チェックの結果に違いがある場合がございます。可能な限り、右表条件の基準より多めにご用意ください。

仕様と価格
商品コード 商品名 内容 販売価格(税別)
  • ヒト/マウス エクソーム解析(5Gb)

    123,000円

● Agilent SureSelect V5 (UTRなし) を使用した場合の価格です。
● 上記シーケンスの費用には、データ解析(SNPs, in/del 抽出)の作業が含まれます。
● 「UTR+」のタイプなど、上記キット以外をご希望の場合は価格が異なります。お問い合わせください。

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その他 注意点

解析結果がいかなる結果であっても解析方法に瑕疵がない限り、一切の責任を負うものではございません。
受注後、実作業に入ってからのキャンセルは、サービスの仕様上お受け致しかねます。やむを得ない場合は、実作業分の料金をご請求させて頂きます。
お客様からお預かりいたしましたサンプルを調製する際に何らかの問題があることが判明した場合、新たなサンプルを用意して頂くことがございます。また、その問題がサンプルに起因する場合には、再調製料金を頂く場合がございます。 これに伴い、サンプルの再提供、再調製等に時間を要したことによりご依頼者に何らかの問題が生じましても、一切責任を負うものではございません。 
 感染性のあるサンプル(HCV・HIVなど)の受け入れは行っておりません。また、ヒト臨床サンプルの場合は、インフォームドコンセントを得ていること、倫理委員会の承認を得ていること、匿名化されていることをご確認ください。 
本受託解析サービスにより得られた結果が原因となり生じた損失・損害等につきましては、サービスの仕様上、責任を負いかねます。 
ご提供・ご指示いただくサンプルや手法から生じる工業所有権・安全性などの問題につきましては、一切責任を負いかねます。 
ご提供いただくサンプルの保管および返却は基本的に行っておりません。予めご了承ください。 
 データの保管を6ヶ月間は行ないます。データをお受け取りになられましたら、すぐにバックアップコピーをお取りになられますようお願いいたします。

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