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RNA次世代シーケンシング (RNA-Seq) 解析

RNA次世代シーケンシング (RNA-Seq) 解析
次世代シーケンシングを用いた発現解析をご提供します。

商品説明

RNAシーケンス解析とは

RNAシーケンス(RNA-Seq)は、大量の配列データが得られる次世代シーケンサーを利用して、遺伝子発現解析における様々な目的に対応する手法です。

詳細な遺伝子配列情報の取得、低発現遺伝子の検出、定量性などにおいて高いパフォーマンスを持っています。
特に、遺伝子発現変動解析においてはマイクロアレイに比べ広いダイナミックレンジを持つために、低発現・高発現の両方の転写産物を高い精度で検出できるため、遺伝子(RNA分子)の発現変動を網羅的かつ定量的に解析できます。
他にも遺伝子配列における変異(SNP、短い欠失・挿入変異)、スプライシングバリアント配列の読み分けなどの解析が可能です。

また、small RNAの解析においては、small RNA配列の同定・定量化など目的に応じて様々なアプリケーションが確立されています。
さらに、マイクロアレイでは難しかった、ホルマリン固定によって遺伝子が断片化してしまったFFPEサンプルでも発現解析が可能です。

当社では、illumina社の HiSeq2000、2500、4000を用いたRNA解析サービスを提供しており、お客様の様々なご要望にお答えいたします。まずは、お客様のご要望をお聞きし、目的に応じた最適なサービスを、リーズナブルな価格でご提案致します。


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本サービスの特徴

●マイクロアレイに比べてダイナミックレンジが広い遺伝子発現解析が可能です。
●SNPs や In/Del など遺伝子レベルでの変異確認、新規アイソフォームの探索などの応用が可能です。


  

RNAシーケンス解析のアプリケーション

遺伝子の発現変動解析

RNAシーケンス解析における遺伝子発現解析では、RNAをcDNAに変換したシーケンスリードの本数をカウントすることで、遺伝子の発現量を測定しています。つまり、「RNA分子数==各配列のリード数」という定量的な概念に置き換えた遺伝子発現解析です。

この手法ではマイクロアレイのように生物種特有のプローブが無い場合や、ゲノムにおけるアノテーション情報が限られている生物種でも発現解析が可能です。
さらに、マイクロアレイに比べ広いダイナミックレンジを持つため、特に低発現・高発現の遺伝子において高い精度まで検出できます。

また、RNAシーケンス解析は、mRNA配列における選択的なスプライシングバリアントの同定、アリル特異的な遺伝子の発現、新規の転写産物の同定などの様々なアプリケーションにも用いることが出来ます。

 

RNAアセンブル(新規RNA配列の構築)

ご提供頂いた Total RNA より cDNA 化、ライブラリー調製を行い、次世代シーケンサーにより リード配列データを取得します。

データ解析により得られた リード配列をアセンブルし、遺伝子配列(Contig 配列)を構築します。
遺伝子配列は、スプライシングバリアント や アイソフォームごとに区別して取得することができます。

また、オプションとして、アセンブリにより構築された遺伝子配列について、相同検索による機能予測・アノテーションの付与を行います。
さらに、Gene Ontology 解析についても可能です。このサービスは、特にゲノム配列が未知やデータベースが未整備の生物種の遺伝子発現解析に有効です。


★mRNAアイソフォームのリストアップに特化した解析をご希望の場合は、PacBio RSII によるシーケンス解析がお勧めです。
PacBio RSII により得られる超ロングリードならば、スプライシングのバリエーションも高精度に検出が可能です。
詳しくはコチラをご覧下さい。
PacBio RSII によるシーケンス解析


  

small RNAの同定・定量化

このサービスは、生体内で発現している small RNA を網羅的に解析します。
18~30塩基程度の small RNA の両端にアダプターを付加し、シーケンスを行うことで、small RNA の同定と発現量を解析するサービスです。

検出できるダイナミックレンジが広いので、 miRNA などの small RNA の発現量を調べたい場合に有効です。

その他にも、 RNA の状態で 5’, 3’末端に異なるアダプターをライゲーションすることを利用して、ストランド特異的なシーケンスを取得することも可能ですので、未知の small RNA を発見することも可能なサービスです。


  

ご依頼に必要なサンプル条件

遺伝子発現変動解析、RNAアセンブル、small RNA解析に用いるサンプル条件は 
下表の記載条件の他、以下の点をご確認下さい。
 


●DNase、RNaseフリーの 1.5 ml チューブをご使用ください
 (スクリューキャップ式のチューブをお使い頂くとより安心です)。
●total RNA は、TE Buffer (またはRNase free水 )に溶解し、ドライアイス梱包で(冷凍便)でご送付下さい。
●3 ug 以上の total RNA をご調製頂ける場合は、エタノール沈殿後のサンプルのご送付も可能です。
  *エタノール沈殿の方法については、下記をご参照下さい。

_____________________________________________________________________________________
◆エタノール沈殿の方法例

※エタノール沈殿はRNAを安定的に保つ有効な方法ですが、
 エタノール沈殿を解除する(遠心)際に、サンプルのロスが
 発生します。ご提供いただくRNA量が「2μg」を超える場合
 に限り、エタノール沈殿を以下の手順に沿って実施して
 ください。


【total RNA 2μg以上の場合】
 total RNA を RNase free 水 100μL に溶解し、以下の
 溶液を添加して下さい。
   ◆0.1 倍量 の 3M 酢酸ナトリウム(10μl)
   ◆2.5 倍量 の エタノール(250μl) 
 ※3M酢酸ナトリウムを加えよく撹拌し、次にエタノール
  を加えよく撹拌して下さい。
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●お預かりしたサンプルを受領後に品質チェックを行いますが、チェック手法の違いから、お客様にて測定されたチェック結果と当方で実施した品質チェックの結果に違いがある場合がございます。可能な限り、基準より多めにご用意ください。


  

仕様と価格の実施例

実施例①: 遺伝子発現変動解析 mRNA-Seq、 2サンプルの場合

販売価格:\324,000(税別)

●精製済みの total RNA をお預かり致します。
●mRNAを対象にしたライブラリー調製を行います。
●HiSeq、100bp、paired end、4Gb/サンプル の条件でシーケンスを行います。
●データ解析:2検体間の遺伝子発現、検体間の発現比較解析
※リードデータ(Raw data)のみの解析も承ります。

 

実施例②: mRNAアセンブリ、1サンプルの場合

販売価格: \271,000(税別)

●精製済みの total RNAをお預かり致します。
●mRNAを対象にしたライブラリー調製を行います。
●HisSeq、100bp、 paired end、4Gb/サンプル の条件でシーケンスを行います。
●得られたリード配列を用いてアセンブリを行いコンティグ配列を構築します。
●得られたコンティグ配列について、Gene Ontology 解析を行いアノテーション付加を行います。

  

実施例③: small RNAの定量化(発現解析)、4サンプルの場合

販売価格:\656,000(税別)

●精製済みの total RNA をお預かり致します。
●small RNAを対象にしたライブラリー調製を行います。
●HiSeq2500、50bp、single reads、1 lane の条件でシーケンスを行います。
  * 1 lane で 2.2-2.5億程度のリードが得られます。
得られるリード数はサンプルによっても変動致します。
●得られたリード配列を用いてsmall RNA発現解析を行います。


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その他 注意点

解析結果がいかなる結果であっても解析方法に瑕疵がない限り、一切の責任を負うものではございません。
受注後、実作業に入ってからのキャンセルは、サービスの仕様上お受け致しかねます。やむを得ない場合は、実作業分の料金をご請求させて頂きます。
お客様からお預かりいたしました試料を調製する際に何らかの問題があることが判明した場合、新たな試料を用意して頂くことがございます。また、その問題が試料に起因する場合には、再調製料金を頂く場合がございます。

これに伴い、試料の再提供、再調製等に時間を要したことによりご依頼者に何らかの問題が生じましても、一切責任を負うものではございません。
感染性のある試料(HCV・HIVなど)の受け入れは行っておりません。また、ヒト臨床試料の場合は、インフォームドコンセントを得ていること、倫理委員会の承認を得ていること、匿名化されていることをご確認ください。

本受託解析サービスにより得られた結果が原因となり生じた損失・損害等につきましては、サービスの仕様上、責任を負いかねます。
ご提供・ご指示いただく試料や手法から生じる工業所有権・安全性などの問題につきましては、一切責任を負いかねます。
ご提供いただく試料の保管および返却は基本的に行っておりません。予めご了承ください。

データの保管を6ヶ月間は行ないます。データをお受け取りになられましたら、すぐにバックアップコピーをお取りになられますようお願いいたします。

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